起始于20世紀90年代初期的單鏈構象多態性(single strand conformation polvmorphism，SSCP)是較為流行的一種突變檢測法(Orita et a1．，1989)。此方法是憑借單一堿基置換引發的突變型單鏈D\A三維構象的改變，通過觀察單鏈DNA電泳遷移率的漂移來判斷突變。其策略是：將PCR擴增的待測片段變性解鏈后，通過非變性聚丙酰胺凝膠電泳分離，比較待測單鏈DNA與無突變參照片段的電泳遷移率，完成對SNP的檢測。但PCR-SSCP技術的SNP檢測率只有50%～80%，而且為了確保檢測效率，SSCP的最適檢測長度僅為100～300bp。
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